Marmaray Projesinin istasyonlarına ait tasarımlarında sık aralıklarla tren işletilmesi planlandığı için istasyonlarda yolcu beklemesi projeyi yapan AYGM tarafından öngörülmemiştir. İstasyonların inşa edildiği yerlerde çıkan tarihi buluntular nedeniyle istasyon yapılarında oda büyüklükleri dâhil gereksiz alan veya ihtiyaçların giderilebileceği büfe, mescit, oturma alanları vb. alanlar sınırlı tutulmuştur.

Bu aksaklıkların giderilmesi ile ilgili çalışmalar sorumlu kurum AYGM ve TCDD tarafından devam etmektedir.